Buenos dias
Lo primero decirte que mezclar llamadas a bapis y batch inputs no suele funcionar muy bien, en tu caso para crear un movimiento de mercancias puedes utilizar la funcion BAPI_GOODSMVT_CREATE, seguro que existen muchos ejemplos de como llamar a esta funcion y puede ser que te resolviera el problema
Si cambiando el batchinput por la bapi sigue sin funcionar lo que haria es asegurarme de que es un problema de sincronismo y no de datos o parametrizacion
Prueba a poner siempre commit work and wait en lugar de commit work y pon unos intervalos bastante grandes entre cada llamada a funcion para confirmar que efectivamente el problema es que se estan pisando las llamadas a las funciones
Si confirmas que efectivamente el problema es que cuando se llama a una funciona la otra todavia no ha terminado postea y encontraremos alguna solucion
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