Gracias a todos por sus recomendacioens, finalmente pude solucionar mi caso pero sin tener nada que hacer dentro del codigo, a veces no nos damos cuenta de que la solución puede ser la manera en la que ejecutamos los programas.
Les platico por si a alguien le sucede lo mismo, la solucion a mi caso fue ejecutar el batch input con los sig. parametros:
Modo de Procesamiento: Visual.sólo con errores
y en Funciones adicionales desactivé: Tam.estándar dynpro
y listo!! me cargó todos mis registros
.
...La verdad esto de los batchinput no son muy confiables puesto que sí te cambian la estructura de datos la logica del programa no coincide y te truena!!
Alguien pudiera enviarme algun buen manual de BAPIS??
saludos y gracias