puede ser que it_vacio sea una tabla de cabecera, si no es asi estas manejando mal ese valor.
yo en lo personal no me gusta manejar inner con 3 tablas, solo con 2 seria bueno. pero para sacarte de dudas seria bueno que nos enviaras como esta declarada la tabla y como estas llenadola si hay un loop o algo asi.
checa los tiempos de ejecucion en un inner join con 3 tablas y un inner join con 2 + 1 select por separado.
y como dicen mete codigo duro para probar que esten vacios estos valores de it_vacio.
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