Hola.
Puedes probar a facturar el pedido y la entrega a la vez en la VF01?? en principio si tienen los mismos datos de cabecera y generan el mismo tipo de factura te debería dejar.
No sé si esto te ayudará, pero con la información que das, es lo que se me ocurre...
ya diras si te sirve de ayuda.
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