Hola,
Vayamos por partes. Supongamos que tienes un servidor Windows 2003 con Oracle. Si paras el servicio de Oracle, afecta a todas las instancias, siempre y cuando no tengas 2 paquetes de software de oracle instalados de forma independiente.
Si tienes un único paquete, y paras una instancia de base de datos, solo afecta a esa, la otra sigue corriendo sin problemas.
Saludos,
Sama
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