Alternativa
Lo que se me ocurre es que podrías cargar el anticipo a través de una FB01, pero referenciarlo al documento factura, completando el campo Ref Fact (BSEG-REBZG). De este modo lograrías unirlo a la factura imputada al pedido y evitarías el indicador de IVA.
Espero te sirva.
Saludos,
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