Creo que lo que debes revisar es el control de copia de la entrega a la Factura
Comercial/Facturación/Documentos de Facturación/Actualizar control de copia para facturas.
Verifica el control de copia para las posiciones; creo que aquí esta el tema por que lo que no esta haciendo es referenciando que la entrega ya tiene un documento posterior.
