Hola Buen día Trecsa, ya di con la respuesta, el paso de compensación con Tx F-44 esta correcto, lo que sucedió es que al intentar simular no aparecía el documento de anulación y si el KR, pude validar que en opciones de tratamiento+pestaña de partidas abiertas, estaba tildada la opción de "considerar referencia de factura" se cambio la selección a "clasificación según importe sin +/-" y apareció el documento de anulación y pude concluir la transacción.
Gracias por la ayuda.