Hola fedeape,
Deberías revisar como está creado el indicador de impuestos afectado y las configuraciones de las clave de operación/categorías de impuestos en la vista V_1ATAXID.
Las claves de operación de percepciones de IIBB deberían estar asociadas a la categoría GP00.
Las claves de percepción de IVA deberían tener alguna de las categorías VP++
El resto de las claves de percepción nacionales debería esta asociada la categoría EP01.
De esa forma está programado.
Si te está sumando la percepción al iva debería ser porque la clave de operación de percepción está asociado al TX02 en la vista V_1ATAXID.
Saludos!
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