Hola,
No conozco una forma en realizar este proceso en forma parcial. No creo que exista ya que la cobranza se imputa contra la cuenta de Banco y luego la conciliación bancaria no la vas a poder realizar.
Te recomiendo que le indiques al usuario de reversar toda la cobranza y volverla a imputar con la factura correspondiente.
Adicionalmente esta el número de recibo oficial, donde en forma legal esta imputando en ese recibo 2 facturas, lo cual no va a cuadrar con la contabilidad si lo haces en forma parcial.
Espero haberte ayudado.
Salduos,
Javier
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