Buenas tardes,
ya detecté el error: en el campo FSVprimary estaba poniendo nuestro plan de cuentas principal en vez de poner el plan de cuentas alternativo de Portugal. Ahora ya me salen todas las cuentas y el campo GroupingCode referencia bien a la cuenta inmediatamente superior en la estructura de balance, por si alguien tiene el mismo problema.
Una pena que ahora que ya me sale correcto el fichero hayan sacado una nueva ley y la versión que acabo de parametrizar esté ya obsoleta
Saludos!