Hola,
Creo que yo no me estoy enterando de lo que realmente necesitas.

Un material en una Org.Ventas/Canal estará o no sujeto a impuestos y el cliente en un área de ventas estará o no sujeto a impuestos. Esto es en un principio cómo funciona SAP.
Después tu haces las distintas combinaciones en el registro maestro de la condición MWST.

Lo que no puedes es tener para unas veces si y otras no.

Si tu vendes un material individualmente que no quieres que tenga IVA deberás indicarle que no esté sujeto a impuestos.
Si tu vendes un Kit, donde uno de los componentes no está sujeto a impuestos, bien......lo que si tendrás que hacer es que el Kit si esté sujeto a impuestos. La determinación de precios la deberías llevar a nivel del Kit y no de los componentes.

Espero haberte ayudado.

Un saludo.
Marga.