Hola
con la F110 no podes sacar pagos parciales. Tenes que usar la trx. F-58 que te permite como vos decis cancelar una parte de la factura. Tene en cuenta que hasta que no canceles la totalidad de la deuda, no vas a poder compensar la partida, es decir te genera el pago pero la compensación te sigue quedando como partidas abiertas. Una vez que cancelas toda la factura, SAP te deja compensar el valor de la factura total con cada uno de los pagos parciales que efectuaste.
Espero que te sirva.
suerte !!
Adrián