Claro clarisimo te has explicado pero la solución no la veo. Es muy raro que te imprima bien en impresora pero que lo saque mal en PDF. Obviamente si no fuera raro ya lo tendrías solucionado...
Revisa la clase de mensaje mediante la NACE para ver si ahí tienes algún parámetro que le diga que salga vertical u horizontal. Si no ves nada tendrás que debugar el código para ver donde crea el pdf a ver que está haciendo. Y si todo eso no te funciona modifica el código para montar tu el pdf y enviarlo.
Siento no poder ayudarte más.
Saludos