Solución
Finalmente he solucionado el tema asignando otro tipo de posición de entrega a las posiciones de partición de lotes. He especificado que este tipo de posición no sea relevante para la entrega.
De esta forma, en la factura me aparecía la posición de cabecera sin ningún valor. Por lo que, en el "Indicador de cantidades de factura" del control de copia del documento de entrega a la factura, he puesto que agrupe las cantidades de las posiciones subordinadas ("G - Cantidad del lote acumulada menos cantidad ya facturada").
Parece que así funciona la cosa.
Un saludo,
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