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Hola, yo te podría decir como solucionarlo por programacion.
Ya que tienes el final de cada linea delimitada por un simbolo, yo haria un split para cortar el fichero en lineas, y a partir de ahi separar cada registro.
Sé que es una solución un poco cutre, pero hasta que se vea porque te puede pasar eso... tienes unas solucion "transitoria"
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