Hola,
Cuando la facturación se realiza por SD no se como es, pero si se hace directamente por FI lo que se puede hacer para que la contabilización vaya a una cuenta asociada diferente a la del dato maestro del cliente es en el dato maestro de la cuenta marcar la opción de "Cta.asociada lista para entrada" en la pestaña de "Entrada/Banco/Inter." y al momento de contabilizar deja modificar la cuenta asociada.
Saludos