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Como bien comenta Mauricio las tablas hash solo te van a ser realmente de utilidad para reducir tiempo en los READ TABLE, adicionalmente hay que comentar que las tablas HASH tienen que crearse con una clave y es muy importante que las busquedas se hagan por esa clave y no por otros campos
No conozco el detalle de tu desarrollo pero tiene pinta de que cambiar los tipos de tabla no te va a ayudar a reducir el tiempo como tu quieres, probablemente lo que tengas que hacer es que esa parte del desarrollo que toma tanto tiempo se ejecute de manera asincrona, ya sea mediante un job, un call function en background o metodos similares
Hay procesos que son tan masivos que por mucho que se optimicen jamas podran ejecutarse en online
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