Hola....
La verdad es que es un poco raro lo que te sucede, pero voy a intentar ayudarte en algo.

Las condiciones de pago de Ventas se pueden determinar o bien de la parte financiera o bien por la parte comercial.
Normalmente al pedido de ventas, a nivel de cabecera (pestaña factura) van las condiciones de pago que están en el cliente en los datos de área de ventas (pestaña factura).
Dichas condiciones de cabecera se replican a las todas las posiciones del pedido de ventas, pero pueden cambiarse.

No obstante puedes hacer que por una user-exit no se puedan cambiar las condiciones de pago de un cliente en el pedido de ventas y que siempre determine las que están en el maestro del cliente.

También puede ocurrir que al modificar el cliente (en una ventana SAP transacción VD02 o XD02)) tuvieras abierta otra ventana con la creación del pedido (transacción VA01) y que no te halla tomado los datos si no has salido del todo de la transacción....tan sólo tendrías que hacer /nVA01 para solucionarlo. Para estas cosas SAP es un poco "rarito", no toma las modificaciones efectuadas en algunos maestros estando en una transacción ya que se deben de quedar los datos en "memoria temporal".

Espero haberte ayudado.

Un saludo.
Marga.