Hola... en los cliente donde he estado,al generar la entrega se genera automaticamente un movimiento de mercancia para la salida del material.... debes de revisar en la parametrización que clase de movimiento tienes configurado para las entregas de cliente....en la prueba que hiciste verifica en el flujo del pedido de ventas si se creo un de documento de material conjuntamente con la entrega...tal vez te permitio hacer la salida por la MIGO porque no tienes configurado que se genere un movimiento de mercancia automaticamente al elaborar la entrega de cliente, y por ello pudiste entrar manualmente y contabilizar el movimiento...