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Pasos:
1 - Pilla las correpondientes lineas de cada una de las tablas por la clave de las tablas internas. (linea_t1 y linea_t2 por ejemplo) con un loop anidado.
2 - Crea la tabla que contenga el nombre de los campos de la estructura de ambas tablas (Deben tener obviamente la misma)
3 - Seria algo asi
FIELD-SYMBOLS: <lv_field1> TYPE ANY,
<lv_field2> TYPE ANY.
LOOP AT lt_lista_campos_estructura INTO ls_nombre_campo.
ASSIGN COMPONENT ls_nombre_campo-name OF STRUCTURE linea_t1 TO <lv_field1>.
CHECK <lv_field1> IS ASSIGNED.
ASSIGN COMPONENT ls_nombre_campo-name OF STRUCTURE linea_t1 TO <lv_field2>.
CHECK <lv_field2> IS ASSIGNED.
IF <lv_field1> EQ <lv_field2>.
CLEAR : <lv_field1>, <lv_field2>.
ENDIF.
ENDLOOP.
Espero que te sirva
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