Hola Adrián,
Si tu desarrollo "Z",
(Tesoreria ejecuta una trx. "Z" que desarrollamos nosotros y lo que hace esa trx. es asignar al asiento de pago el numero del cheque.) utiliza la transaccion estandar FCH5 para asignar los números de cheque, el reporte de tú banco para la signación de cheques manuales es con la
transacion FCHN..
Si no es así fijate en el desarrollo como lo asigna, ok esa es la clave.