Hola Pato,
Puedes parar una instancia independientemente de otra siempre y cuando estén en instancias de base de datos distintas, si estás usando MCOD por ejemplo, al parar una instancia de Base de Datos paras automaticamente las instancias que estén dentro de esa base de datos. A ciencia cierta te quiero decir que no podemos determinar que podría pasar si desconocemos como está definido tu landscape, solo hacemos suposiciones según lo mas lógico, pero no en como correctamente pueda estar.
Saludos
Johan González
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