Hola Isabella,
El programa estandar del traslado del IVA te va a trasladar los documentos cuando estos esten compensados (cobrados o pagados). En un proyecto en el que estuve tuvimos un caso similiar, para determinadas via de pago se queria que el traslado del IVA no se hiciera en el momento del pago de la factura si no cuando el banco me enviará el pago o cobro en el extracto bancario, para esto tuvimos que modificar el estandar, hacer un Z de copia y adaptarlo.
Saludos