Hola!
No estoy familiarizado con la creación de versión de proyectos. Pero si quieres borrarlos siempre puedes probar lo siguiente:
1) Transacción CN85. Borrado de proyectos sin archivar
2) Archivar y Borrar proyectos desde la transacción SARA (El objeto de archivado para proyectos es el PS_PROJECT)
Espero te ayude algo
