[gonunez]

Me quedé pensando y no se si entendí bien la pregunta. ¿El problema es que solamente podés dar entrada a algo en el campo de referencia si tiene la "A" como carácter de impresión en el quinto lugar? Si ponés B, por ejemplo, no sale? Vos estás creando la factura (nota) en FI o estás hablando de una factura de venta ya cargada en SD que te tira ese formato predeterminado de factura (sucursal-letra de comprabante-número de factura) y no te deja cambiarlo? (Porque ahí es otra historia)
Dependiendo de tu comprador vos le vas a dar una factura diferente. Si es responsable inscripto, le vas a dar una "A", si es autónomo, una "B", etc. Metete en SPRO/Gestion financiera (nuevo)/Impuestos sobre volumen de negocios/parametrizaciones básicas/Argentina/Categ.fiscales/. Acá tenés actualizar las categorías fiscales en sí y las de deudores y acreedores.
Igual, por favor, explicámelo de nuevo porque me sirve mucho por si me pasa.
Saludos,