Hola jcamposs, tengo entendido que para las facturas de SD, siempre se transapasa el indicador 'SD'. Fijate si en el registro de condición de la MWST tenes seteado este indicador.
Los indicadores de impuestos que no son SD (C0, Y0, etc) se utilizan en transacciones FI, dado que este modulo no tiene la capacidad de calcular las alicuotas mediante esquemas de calculo, entonces para cada indicador se le indica cual es la combinatorias de alicuotas a pagar de cada impuesto (chequea la trx. FTXP mirando el indicador que mencionas y vas a ver que tiene hardocodeado el 21 % para el MWST) si te fijas el indicador SD tiene 0 % en todos los impuestos, esto es porque las alicuotas se calculan en tu esquema de calculo.
Chequea si en tu registro de condicion de MWST tienes el indicador de SD, luego ingresa en la FTXP la cuenta FI a donde debe ir el impuesto y cuentame como te fue.
Espero haberte ayudado!
Saludos!