Hola, podrías bloquear a tu empleado para que no lo tenga en cuenta, en el IT0003 del legajo en cuestión.
Y podrías volver a liquidar.
De todas maneras, creo que los cambios organizativos deben darse en el primer día de la nómina, no a mitad del período.
Puedes probar que el cambio sea a partir del primer dia, y liquidarlo nuevamente.
Saludos.
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