Yo hoy me encontré con el mismo problema y tal como comentas, la única opción que encontré fué en el rol borrar todo el menú a mano y volverlo a importar, otra opción es borrar cada elemento que no desees y agregar el nuevo, que te sirve en caso de que quieras utilizar solo una parte del menú.
En mi caso, borré todo, cargué el menú completo y con eso resolví el problema.
Si alguien sabe de alguna forma de ahorrarnos esto, agradeceremos el aporte
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Saludos