Hola!...ya encontré la solución.
En el Control de Copia por Cabecera tenia Número de Referencia B-Número del Pedido Cliente, por eso al intentar hacer la Factura Colectiva por el Análisis de Partición me decia que los documentos de referencia eran distintos. Tuve que cambiar ese Número de Referencia de B a E-Número actual de Factura.
Listo!...
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*Malu*
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