Hola Niko,
También puede ser por otras razones que no cuadre, por ejemplo si la cuenta estaba configurada(FS00) para no visualizar partidas individuales, y posteriormente la cambiaron para que si las muestre, puede traer inconsistencias.
O por ejemplo, si era una cuenta de mayor y la cambiaron a cuenta asociada a clientes o proveedores o activos fijos o viceversa puede traer este tipo de inconcistencias, verifica el log de modificaciones de la cuenta que no te checa, y prueba otras cuentas en la FS10N para que cheques los saldos.
Cuando solo es una cuenta seguramente son por cambios en los datos maestros.
Espero te sirva el tip