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Para quien le interese ya he conseguido modificar la informacion del cluster en la base de datos.
El unico cambio es que despues del MODIFY rt INDEX sy-tabix. hay que ejecutar el export y el prepare_update (para cada registro modificado del rt). Es decir que ese trozo de código quedaría así:
MODIFY rt INDEX sy-tabix.
rp-exp-c2-re. "actualiza el cluster RE en buffer
IF rp-exp-es-subrc = 0.
PERFORM prepare_update USING 'V'. "actualización bases de datos (DB)
ENDIF.
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