Hola que tal...
Lo que puedes hacer es darle cierre técnico a las ordenes que no tienen la modificación, entonces ya tendrías las ordenes con las modificaciones y solo le das en el botón iniciar de nuevo, te va a preguntar si quieres borrar le das en borrar y ya empiezas en la fecha en que se quedo.
Nota: estamos hablando de un mismo plan de mantenimiento? o a que te refieres con eso de duplicar ordenes ( te refieres alas mismas fechas)? en dado caso en que te refieras a que cuentas con dos planes y por eso se te están duplicando las ordenes, pues solo tendrías que desactivar el plan.
espero te sirva