Según lo que indicas, el sistema debiera permitirte la creación de una Factura con 2 o más Entregas si son del mismo cliente. Sería bueno saber de donde nace la factura, si desde la Entrega o desde el Pedido de Ventas; pero en cualquier caso, revisa el control de copia desde el documento de origen al documento de destino a nivel de posición. Las condiciones de copia debieran ser iguales para que no se produzca partición por Entrega.
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