Federico,
Es muy "rebuscado" tu caso.
SAP NO CONCIBE pagar menos que el monto a retener, y en esos casos genera un documento con contabilizaciones de saldo inverso para que puedas retener todo el impuesto, quedándote un saldo a favor en la cuenta del proveedor.
La ley dice que en esos casos, se deberá practicar la retención, hasta el monto del pago.
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