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Ayudaria mucho que nos dijeras exactamente que es lo que tienes que hacer pero asi a bote pronto por lo que cuentas te diria que:
Las tablas HASH y SORTED pueden serte muy utiles para manejar volumenes muy grandes de datos ya que puedes hacer read table por clave y son rapidisimos
Si el problema es el numero de registros prueba a partir tu tabla X en 'n' trozos mas pequeños y luego fusionar los resultados
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