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La transaccion SREPO creo que te va a decir que objetos son diferentes pero no cual es la diferencia, de todas formas podrias utilizarla para hacer un primer filtro
Podrias preparar algun tipo de batch input que dependiendo del tipo de objeto haga la accion correspondiente
Por ejemplo si es un report que vaya a la SE38, seleccione la opcion de menu
utilidades->versiones->gestion de versiones
Despues pulse el boton comparacion remote
Introduzca el destino rfc correspondiente a la maquina contra la que quieres comparar (en tu caso entiendo que seria la maquina de productivo) aqui es donde te decimos que si seleccionas un destino rfc que se haya creado como trusted o bien un destino rfc que ya lleve incorporado el usuario y contraseņa te evitarias el paso de la ventanita que te sale pidiendo el usuario y contraseņa
De todas formas quiza en el batch input tambien puedas incluir logica para rellenar el usuario y contraseņa
Y por ultimo pulse de nuevo la opcion comparacion remote, a continuacion te saldran el detalle de diferencias que pudiera haber
Esto que te he comentado seria para los report, el funcionamiento seria similar para las dynpros, funciones y asi con los diferentes objetos que vayan incluidos en tus ordenes
De todas formas ya te digo que realizar un programa que haga esto me parece algo muy muy costoso
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