[Jotabin]

Que haya un IN no hace diferencia con un EQ... en definitiva un IN son varios EQs. El problema son los índices.

Para que un SELECT o SELECT SINGLE sea performante, el WHERE tiene que incluir todos los campos de la clave o todos los campos de alguno de los índices de la tabla.

Como dijo maescobarl, podés crearle un nuevo índice a la tabla para mejorar la performance.

Lo más recomendable suele ser buscar la forma de utilizar uno de los índices ya creados para la tabla, o en el mejor de los casos los campos clave, pero como esto no siempre es posible, como última opción podés crearle un nuevo índice que incluya los campos por los que accede tu select.