Hola entiendo que de los 4.000.000, 3.000.000 están en el sistema anterior y 1.000.000 se registro al entrada de mercancía en SAP, ahora necesitas compensar la cuenta EM/RF.
Consulta como registraron la factura a través de miro?, si es así, debes revisar el comprobante contable generado ya que SAP debió llevar solo 1.000.000 a la cuenta EM/RF y el resto los 3.000.000 la cuenta de inventario o resultado asociada al material comprado.
si el caso es que ajustaron la contabilización de forma manual y llevaron los 4.000.000 a la cuenta EM/RF; debes ajustar la misma contra la cuenta en la que se contabilizo ese importe al momento de la carga inicial de saldos; esto lo haces a través de la transacción F-03
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