Mira existen dos procesos de presupuesto. 1. Presupuestacion y 2. Liberacion.
Verificaste si en la configuracion tienes activa la funcionalidad de liberacion?? Ahi es donde se coloca los limites de tolerancia, etc...
Si esta activa y has cargado presupuesto, procede entonces liberar el mismo utilizando el proceso de liberacion o release en la fmbb Workbench de presupuestacion) o la fmmprele, liberacion masiva.
Al liberar el ppto (hasta el importe deseado) debes entonces hacer imputaciones contra el mismo.