Anulación de remito ya facturado

[PabloLujan]

¡¡Buenos días a todos!! Soy Pablo y Les traslado una consulta que ya nos pasó dos veces en la empresa (Argentina). Si esta consulta existe en otro foro o mensaje por favor me lo indican. Les resumo:
Logística realizo un remito a un cliente, me informo y mediante la transacción VF04 visualicé el remito y procedí a facturarlo, luego con la transacción J1AMONITOR se realizó la facturación mediante el webservice de AFIP devolviéndome CAE y numero de documento. Hasta ahí todo normal.
Logística al día siguiente me indica que hubo problemas con la mercadería y se debe anular el remito y la factura para poder volver a generar un nuevo remito ya que se debía facturar mercadería de otro lote de piezas. Ellos intentaron anular el remito mediante la VL09 pero como ya había emitidos documentos posteriores no los dejo (ya estaba emitida y contabilizada la factura) lo mismo con la transacción VL02N. Como ya estaba emitida la factura fiscal no podía anularla por lo que no tenía más opción que mediante la VA01 realizar una nota de crédito con referencia al numero interno de la factura realizada, luego de realizada la nota de crédito la subí a J1AMONITOR para que el webservice la procese y me devuelva CAE y numero de documento. Pero luego de realizado esto el stock no volvió al sistema por lo cual logística no puede volver a remitir la mercadería y no puedo volver a facturar. La solución que nos dio nuestro departamento de IT es que se anulara la factura, pero como ya tiene CAE y Nro. no puedo realizarlo sin generar un problema impositivo. ¿Existe alguna manera de anular un remito luego de que el mismo ya este facturado y con CAE y numero de documento de AFIP o de volver al stock la mercadería?

Desde ya muchas gracias